การปกครองส่วนกลางมีตำแหน่งอัครมหาเสนาบดี 2 ตำแหน่ง “สมุหนายก” ( เจ้าพระยาจักรีและพระยายมราชเป็นหัวหน้า) รับผิดชอบดูแลหัวเมืองฝ่ายเหนือทั้งทหารและพลเรือนในฐานะเจ้าเสนาบดีกรมมหาดไทย “สมุหพระกลาโหม” เจ้าพระยามหาเสนาเป็นที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน ส่วนหน้าที่ดูแลหัวเมืองฝ่ายใต้ให้ขึ้นกับพระยาโกษาธิบดีซึ่งว่าการกรมคลังและดูแลหัวเมืองชายฝั่งตะวันออก
กรมเมือง ( นครบาล )ทำหน้าที่เกี่ยวกับการปกครองในเขตราชธานี ตลอดจนการบำบัดทุกข์บำรุงสุขของราษฎร
กรมวัง ( ธรรมมาธิกรณ์ ) มีหน้าที่เกี่ยวกับการในราชสำนัก กับทำหน้าที่พิพากษาอรรถคดี
กรมคลัง ( โกษาธิบดี )มีหน้าที่เกี่ยวกับการรับจ่ายเงินของแผ่นดิน ทำหน้าที่เกี่ยวกับการติดต่อกับต่างประเทศ
กรนนา ( เกษตราธิการ ) มีหน้าที่เกี่ยวกับเรือกสวนไร่นา และเสบียงอาหาร
การปกครองส่วนภูมิภาค แบ่งหัวเมืองเป็น 2 ประเภท
เมืองพระยามหานคร “หัวเมืองชั้นนอกทรงแต่งตั้งข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ออกไปเป็นเจ้าเมือง จำแนกเป็นเมืองชั้นเอก ชั้นโท ชั้นจัตวา ต่อมาขึ้นกับ กรมท่า (กรมพระคลัง)
เมืองประเทศราช โปรดให้ประมุขของเมืองนั้นปกครองกันเองโดยส่งต้นไม้เงิน ต้นไม้ทองและเครื่องราชบรรณาการ
ในเริ่มแรกของการตั้งอาณาจักรธนบุรีทางทิศเหนือจรดนครสวรรค์ ทางทิศใต้จรดเมืองเพชรบุรีทางทิศตะวันออกจรดเมืองตราด ปราจีนบุรี ทางทิศตะวันตกจดเขตแดนพม่าแถวเมืองกาญจนบุรี เมืองสุพรรณบุรี จนกระทั่งพ.ศ. 2313 จึงสามารถรวบรวมบรรดาหัวเมืองที่เคยขึ้นกับอยุธยา มาอยู่ภายใต้การปกครองกรุงธนบุรีทั้งหมด ทรงปราบชุมนุมต่างๆ มีชุมนุมเจ้าพระฝางเป็นชุมนุมสุดท้าย ได้โปรดให้จัดการปกครองหัวเมืองเหนือครั้งใหญ่ ทรงโปรดเกล้าให้แม่ทัพนายกองคนสำคัญออกไปปกครองดูแลหัวเมืองเหนือเช่นเมืองพิษณุโลก – เจ้าพระยาสุรสีห์พิษณุวาธิราชเมืองสวรรค์โลก – เจ้าพระยาพิชัยราชาเมืองสุโขทัย – พระท้ายน้ำ เมืองพิชัย – พระยาสีหราชเดโช ( ต่อมาได้เลื่อนขึ้นเป็น “ พระยาพิชัย “ ผู้คนตั้งสมญาต่อท้าย
ว่า “ พระยาพิชัยดาบหัก “ ) เมืองนครสวรรค์ – เจ้าพระยาอนุรักษ์ภูธร
การปกครองเมืองเหนือพ.ศ.2313นับเป็นความสำคัญเพราะเวลานั้นพม่ายึดครองเมืองเชียงใหม่ และมีกำลังเข็มแข็ง การดูแลหัวเมืองเหนือเป็นเมืองหน้าด่านที่มีความสำคัญทางยุทธศาสตร์ในการปกป้องและการขยายราชอาณาจักรปลายรัชกาลอาณาจักรขยายไปกว่าเดิมเป็นอันมากมีเนื้อที่มากกว่าปัจจุบันเป็นเท่าตัว ทางทิศเหนือได้หัวเมืองล้านนา ตลอดถึงเมืองเชียงแสน ทิศตะวันออกเฉียงเหนือได้หัวเมืองลาวตลอดจนถึงนครเวียงจันทน์ หัวเมืองพวนและนครหลวงพระบาง ทิศตะวันออกเฉียงใต้ตีหัวเมืองเขมรตลอดจนถึงพุธไธมาศ ทางทิศใต้ตลอดถึงเมืองไทรบุรีและตรังกานู ทิศตะวันตกแผ่ไปถึงเมืองมะริด เมืองตะนาวศรีทะลุออกมหาสมุทรอินเดีย
